La Cofradía tiene su origen en el colegio de la Salle-Mirandilla, donde un grupo de jóvenes deciden crear una hermandad para dar culto a Nuestro Padre Jesús, recogiéndose para ello el pasaje evangélico de la Oración en el Huerto de Getsemaní. Así, el 25 de mayo de 1955 se crea la Junta Organizadora del Culto a Nuestro Padre Jesús de la Oración en el Huerto, estableciéndose en la Iglesia Parroquial de San José

Posteriormente, la corporación se traslada a la Capilla del Beato Diego, ya que por diversas circunstancias no podía continuar en la anterior Parroquia. Es en dicha Capilla donde, el 19 de marzo de 1958, se bendice la primitiva imagen del Señor. Este mismo año se produce la primera salida procesional, dado que la puerta de la Capilla era de reducidas dimensiones, se monta el paso en el baluarte de la Candelaria (desde donde partió el cortejo procesional), aunque las imágenes se incorporan al mismo al paso por la Capilla.

En febrero 1959 la Junta Organizadora fija su residencia canónica definitiva en la Parroquia de San Severiano (estando ésta todavía en construcción). Los cultos de ese año se celebraron en la capilla de la antigua Institución Provincial, donde radicaban todos los servicios de la Parroquia; mientras que para la salida procesional se tuvo que montar el paso en el Instituto Hidrográfico de la Marina, próximo a la Parroquia. En ese mismo año, el 8 de diciembre, se bendice la imagen de Ntra. Sra. de Gracia y Esperanza, Titular mariana de la corporación.

En 1961 se firman los estatutos de la ya Cofradía por decreto del Obispo don Tomás Gutiérrez.

La imagen actual de Jesús de la Oración en el Huerto es obra del imaginero sevillano Manuel Ramos Corona de 1991 y la de Nuestra Señora de Gracia y Esperanza la realizada el escultor gaditano Luis E. González Rey en 1996.

Los devotos y hermanos de esta Cofradía tienen su Casa de Hermandad en el complejo parroquial con entrada desde la calle Tolosa Latour, reuniéndose de lunes a viernes de 19,00 a 20,30 horas. El Hermano Mayor de la Cofradía es Fernando Reyna Espigares.